Azureの支払いで日本円以外を選択できますか?

日本法人の場合は基本的に不可能。
Microsoftとの契約締結時にユーザーから提出された法的所在地によって、請求地域と通貨が下記ページにある表に基づいて決定されます。
Azure の価格と請求に関するFAQ

ただし、Microsoft パートナーを通じて Azure のサービスを購入する場合(CSPなど)はそのパートナーにお問い合わせください。

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