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仮想マシン上のゲスト OS からシャットダウンを行うと、OS のシャットダウンとともに仮想マシンは停止され、仮想マシンの状態が「停止しました」の表示となりますが、仮想マシンへの課金は発生している状態となっています。

仮想マシンへの課金を止めるためには、Azure 管理ポータル から、仮想マシンに対応する [停止] をクリックする必要があります。
こちらの操作を行うことで、仮想マシンの状態が “停止済み（割り当て解除）” となります。

なお、上記操作ではストレージに対する課金は発生しているため、再度使用する見通しの無いストレージについては削除を行うことで、不要な課金を抑えることが可能です。