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Webサイトには、Free （無料）、Shared （共有）、Basic （基本）、Standard （標準） の 4 つのモードがあります。

Shared、Basic、Standard のモードを利用することで独自ドメインを利用することが可能となります。

独自ドメインを設定する手順として

ドメインのDNSに該当Webサイトを参照する設定を追加
Webサイトの構成画面よりドメインの登録
以上で設定完了となります。

手順 2 の前に手順 1 を実行する必要があるため、既存サイトの移行ではタイミングに注意が必要となります。

[Azure Web サイトのカスタム ドメイン名の構成]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/app-service/app-service-web-tutorial-custom-domain