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リソースグループを分ける方法はいろいろありますが、サブスクリプションとリソースグループの組み合わせることで管理しやすくするのがよいと考えます。

どのように運用していくかにも関わってきますが、分ける方法として、サブスクリプションは契約単位となるので部署・部門などの予算単位で分けます。
なお、プロジェクト毎に予算を分ける必要がある場合でも、サブスクリプション毎で分けてもよいでしょう。

その上でリソースグループは、各システムなどで管理権限単位で分けるとよいでしょう。

なお、サブスクリプションを部署・部門で分けていない場合は、リソースグループ単位で部門で分けすることもあります。

リソースグループの詳細につきましては、下記が参考となります。

[リソース グループの原則]

リソースグループを登録する必要性のですが、仮想マシンを1つ作ると付随するリソースがいくつもあります。
VM、ディスク、IPアドレス、NIC等々….こういったものを別々に管理するとなると、例えば、VMの削除した場合、VMだけを削除するだけでなく、付随するリソースも全て削除する必要が生じます。その為、ディスクを削除せずに残り続けてしまうなどリソースの削除忘れによる不要な料金を支払い続けてしまうなど管理上の手間や工数がかかってしまいます。
こういった場合、リソースグループを削除することでグループ内のリソースが全て削除されますので、削除忘れなども無くなり管理が容易となります。

そのほか、権限管理をサブスクリプション、リソースグループ、リソースの各層で設定が可能となる為、リソースグループ毎でまとめて権限付与ができるということも利点となるでしょう。