ADのドメイン内で、ADのエンタープライズ証明書に登録していない自己認証局のルート証明書をADFSに登録して利用している場合、状況により、ADFSのNTAuthストアから自己認証局のルート証明書が削除される可能性があります。

発生する状況：
新規に追加でADサーバを構築し、ドメインコントローラーへ昇格後、該当のADFSサーバが、新規に追加されたADサーバと同期を取った時に発生します。

発生する原因：
今まで接続していないADサーバとの同期の際に、過去接続したことのないADと同期すると判断するため、ローカルのエンタープライズ証明書ストアが、接続したADサーバと同期し、NTAuthストアが上書きされるされることにより、自己認証局のルート証明書が消失してしまいます。

恒久対応方法：
自己認証局のルート証明書をADのエンタープライズ証明書へ登録することで解決できます。