結論から申し上げますと、メールフロールールでPDFの秘密度ラベルを判定することは出来ません。

秘密度ラベルをOfficeファイル（Excel・Word・PowerPoint等）に対して付与すると、
保護ラベルの場合は、ファイルのプロパティに[カスタム]タブが表示され、秘密度ラベルが付与されていることが確認できます。
分類ラベルの場合は、プロパティには表示されませんが、内部的にプロパティが付与されている動作となります。

PDFファイルに対しても、保護ラベル・分類ラベルともに付与することは可能です。
しかし、どちらのラベルにおいても、内部的にプロパティは付与されない動作となります。

Exchange のメールフロールールにおける拡張子の識別では、PDFはサポートされる拡張子に含まれています(*1)が、秘密度ラベルのプロパティを読み取れないため、PDFファイルの秘密度ラベルをメールフロールールで判定することは出来ません。

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<参考情報>
・メール フロー ルールによるコンテンツ検査でサポートされているファイルの種類（Microsoft 公式ドキュメント）