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はい、保存先に関係なく、収集可能です。

ファイル形式でIISのデフォルトログ形式である「W3C 形式」を選択していれば、サーバ上のどこにログが保存されていても収集されます。ログの保存先をデフォルトから変更しているからといって、収集されないということはありません。

なお、Azure Monitorへログが連携されるのは、ログローテーションのタイミングである為、IIS側のログローテーションの設定をデフォルト設定の「毎日」から「毎時」に変更しておくのが推奨です。「毎時」に設定すれば1時間毎にログが収集されます。（1時間以上の頻度ではログ収集は行えません）

画面例：IISのログを収集したい場合、以下にチェックを入れるだけで、収集されます。