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Windows 11 に搭載されている Teams は個人のマイクロソフトアカウント用です。
職場または学校で利用している組織アカウント (※) では利用できないため、これまでのTeamsクライアントアプリをインストールしての利用が必要です。

(※) 組織アカウント・・Microsoft 365 (AzureAD利用) アカウント

Windows11上に搭載の個人向けTeamsと組織利用Teamsアプリの共存は可能です。
以下公式ブログにもあるようにアイコンの色で区分けされています。白色Tアイコンが個人です。
個人アカウント用のWindows11上MicrosoftTeamsからのチャットの紹介

以下個人的見解ですが、理解した上での使い分けや、組織利用の際にはユーザーが間違えないような利用展開が必要かと感じました。

組織でWindows11導入の際には上記配慮の上でTeamsをご活用いただけたらと思います。