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App Service ではアプリケーションが動作している仮想マシンの OS などのシステムファイルはスキャンされますが、
お客様がデプロイされたアプリケーションコンテンツはスキャン対象から除外されています。
お客様のアプリケーションをアップロードする際は、下記ドキュメントを参照ください。
セキュリティ コントロールマルウェアからの防御 – 8.2:非コンピューティング Azure リソースにアップロードするファイルを事前にスキャンする