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はい、採用できます。
PaaSである、Azure Database for MySQLには「シングル サーバー」と「フレキシブル サーバー」という2つのデプロイの選択肢があります。
可用性ゾーン構成が採用できるのは「フレキシブルサーバー」でデプロイした場合のみとなります。
これまではこのフレキシブルサーバー版がパブリックプレビューとして提供されていたため、商用環境などでは採用が難しい状況でした。しかし、11月2日にGA（一般公開）されたことにより、フレキシブルサーバーを選択することで、可用性ゾーン構成をとることが可能になりました。
このGAに関する詳細情報については、以下のMicrosoftの記事をご覧ください。
Announcing General Availability of Azure Database for MySQL – Flexible Server!
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