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結論としては可能です。以下1つの仮想ハブにVnetA,B,Cが接続されていることを例に解説いたします。
VnetAの要件:オンプレ、VnetB、VnetCと相互通信できること
VnetBの要件:オンプレ、VnetAと相互通信できるがVnetCとは通信できないこと
VnetCの要件:オンプレ、VnetAと相互通信できるがVnetBとは通信できないこと
仮想ハブにはルートテーブルを複数構成することができます。要件に応じたルートテーブルを構成することで必要な通信のみができる環境を構成できます。