Update Manegement の利用時、 Azure ポータルの仮想マシンのサブメニューから1台ずつ有効にすることができます。
一方、サブスクリプション上のVMすべてを登録したい場合、VMを指定する必要はございますが、Runbookを用いることで効率的に登録を行うことができます。
<Runbook から Update Management を有効にする>
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/automation/update-management/enable-from-runbook