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Microsoft 365 ポータルでユーザーを複数選択し「ドメインを変更」を実施することができます。ただしUPNとプライマリメールアドレスは変更されますが、セカンダリメールアドレスに以前プライマリメールアドレスだったものが追加されている点にご注意ください。

完全にドメインが使われていない状態にするためには、セカンダリメールアドレスを削除する必要があります。
Microsoft 365ポータルからユーザーを選択してセカンダリメールアドレスを削除するか、PowerShellでExchange Onlineに接続して次のコマンドを実行することでも削除ができます。

１．Exchange Onlineに接続
　　Connect-ExchangeOnline
２．セカンダリメールアドレスを削除
　　Set-Mailbox “Janet Schorr” -EmailAddresses @{remove=”janets@corp.contoso.com”}
　　※参照情報：メールボックス用電子メール アドレスの追加または削除