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Azure Linux VMでは、アプリケーション整合性バックアップを取得するためのフレームワークが用意されていますが、
アプリケーションの整合性を保つためのバックアップの前後で実施するスクリプトの中身は独自で作成する必要があります。
（データベースなどのデータの不整合が発生しそうなサービスはバックアップ前でそのサービスを停止、
バックアップ後に起動させるようにスクリプトを作成するなどの方法があります。）

バックアップ前後で実施するスクリプトを実行するための設定については、以下に記載されているので、ご参照ください。

[Azure Linux VM のアプリケーション整合性バックアップ]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/backup/backup-azure-linux-app-consistent