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Azure Backup は VSS を利用する仕様であるため、Windows Server 側の VSS との競合により、処理の遅延やバックアップの失敗などが発生する可能性があります。 

Azure Backup 動作における VSS（Windows ボリューム シャドウ コピー サービス）と、Windows Server の VSS の競合動作として、先に動作する処理にて VSS の処理が行われ、後の処理は待機中となります。
前者の処理が完了し次第、後者の処理による VSS 動作が開始 / 完了するため、待機時間が発生する可能性があります。

また、前者の処理の完了に時間がかかる場合、後者の処理でタイムアウトエラーが発生するケースもございます。
そのため、Azure Backup と Windows Server の VSS を競合しない時間帯にスケジューリングすることが推奨されています。