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App Service プランのオートスケールルールを作成する際にはクールダウン値(分単位)を設定する必要があります。
クールダウンの最小値は現時点では「5」となっています。「0」とすることはできません。

以下にクールダウンのイメージを記載します。
クールダウン値が例えば5分の場合、オートスケールアウトが行われインスタンス数が 1 → 2台 に変更された後、5分間はスケールアウト/インされることはありません。
最小インスタンス数を1台としている場合、次のような問題が発生する可能性があるため注意が必要です。
オートスケールインが行われインスタンス数が 2 → 1台 に変更された後、スケールアウト条件(例えば急激なアクセスによるCPU値向上など)に達した場合でもスケールアウトされることはりません。
現時点ではこの問題に対処するにはスケールルールにおいて最低インスタンス数を2台とする他ありません。

※2018年8月時点の情報となります。