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「Convert-MsolDomainToStandard」はAzure ADの認証がオンプレミスのActive Directoryで行われている際に、
認証をAzure ADで行うよう設定する際に実行します。
「SkipUserConversion」オプションは、その際のAzure ADユーザーのパスワード、AD FSの証明書利用者信頼に関するオプションです。値としては$Trueと$Falseがあり、それぞれ以下の効果があります。

・$True に設定した場合
Azure ADユーザーのパスワードに変更を加えません。
AD FSの証明書利用者信頼を削除しません。

・$False に設定した場合
Azure ADユーザーに対して一時パスワードを生成します。
パスワードはその後入力するフォルダパスにテキストファイルで保存されます。
AD FSの証明書利用者信頼を自動的に削除します。

基本的には特殊な事情がない限り、$Trueとすることで、Azure ADユーザーのパスワードが変更されないため、ユーザー影響なく進めることができるかと思います。