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Multi-factor Authenticationの課金方法は「ユーザー毎」と「認証毎」を選択可能です。
これは多要素認証プロバイダー作成時に選択します。
ユーザー毎の場合、ユーザー一人あたり月いくらといった課金が発生し、認証回数に制限はありません。
認証毎の場合、ユーザー数に関係なく、認証を行った回数により課金が発生します。
頻繁に認証を行う場合は前者が、ユーザー数が多くても認証回数が少ない場合は後者にメリットがあります。
料金単価は下記を参照下さい。
https://azure.microsoft.com/ja-jp/pricing/details/multi-factor-authentication/