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ドメインコントローラーに昇格する時に動作する DNS の自動構成機能により、フォワーダーに設定すべきでない DNS サーバー “168.63.129.16” が設定されるためです。

Azure 上に仮想マシンを構築した場合、既定で DHCP の機能により、参照先 DNS サーバーとしてこの “168.63.129.16” が設定されます。

この状態で、ドメインコントローラーに昇格する場合、DNS の自動構成機能により現在の参照先 DNS サーバーが フォワーダーの設定に追加されます。

なお、この “168.63.129.16” の DNS サーバーはフォワーダーの参照先としての利用は想定されていないため、インターネット上の名前解決に失敗する可能性があります。

Microsoft Azure 仮想ネットワーク上に構築した ドメインコントローラーでインターネットの DNS の名前解決に失敗する。
https://support.microsoft.com/ja-jp/help/3048295

Azure仮想マシンとDNS – 168.63.129.16の謎に迫る
http://qiita.com/ksasakims/items/a18060701daf81ce303