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いいえ、Azure 上で Windows 仮想マシンを利用する場合、仮想マシン利用料に CAL の料金が含まれているという認識で問題ありません。
ただし、SQL Server などについては必ずしも含まれているわけではありません。作成方法によって異なります。
[Virtual Machines のライセンス FAQ]
https://azure.microsoft.com/ja-jp/pricing/licensing-faq/
(一部抜粋)Azure Virtual Machines で実行している Windows Server イメージに接続するのに Windows Server SALs は必要ですか。
いいえ。Azure 環境で実行している Windows Server にアクセスするためのアクセス権は Virtual Machines の分単位の料金に含まれているため、Windows Server SALs は必要ありません。(VHD かどうかに関係なく) 内部設置型で Windows Server を使用する場合は、別途ライセンスを取得する必要があり、ソフトウェアを内部設置型で使用するための標準ライセンス要件に従うものとします。