Azure Site Recovery でオンプレミスから Azure に移行するタイミングでパーティションごとに別々のディスクに分けることはできますか?

Azure Site Recovery の機能としては、移行先のパーティションやディスク数の変更は行えません。
ディスクを分けられるタイミングは異なりますが、Azure への移行完了後に新規データディスクの作成と、新規作成したデータディスクへのデータの移行を行うことで実現は可能です。

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