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Azure Load Balancer配下にIaaS VMが複数存在しており、特定のVMに対して通信したい場合、Load Balancer設定の「インバウンド NAT 規則」を利用することで実現可能です。
インバウンド NAT 規則の「追加」から、以下の設定で対応可能です。

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サービス：任意のプロトコルを指定、なければCustom
ポート：LBが受信するポート、50001等
ターゲット仮想マシン：通信したい該当VMを選択
ターゲットポート：LB→VMに発生する通信のポート、HTTPなら80,RDPなら3389等
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上記設定の上、アクセスする際にポートを「:50001」のように指定することで、特定VMへ通信が可能です。