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一部対応しています。
Linux には VSS に相当するプラットフォームが存在しないため、ファイル整合バックアップのみの対応となります。
なお、VMエージェントがインストールされているLinuxのみ動作します。
詳細は下記サイトをご覧ください。
[Azure 仮想マシンをバックアップする環境の準備]
https://azure.microsoft.com/ja-jp/documentation/articles/virtual-machines-linux-endorsed-distros/