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Exchange Online上の会議室・備品リソースに設定されたメールアドレスのPOP/IMAP接続を無効にする方法は、Powershellを利用するしかありません。GUI上からは設定できません。
以下URLの手順で設定変更が可能です。
Exchange Online の PowerShell を使用してユーザーの POP3 または IMAP4 を有効または無効にする

上記URLでは「ユーザー」のメールアドレスを対象としていますが、会議室リソースでも応用可能です。
また、上記URLではGUI上からの設定確認方法しか記載がありませんがPOP/IMAP接続の状態についてPowershellでは以下コマンドで確認可能です。

Get-CASMailbox -Identity <メールアドレス>

上記コマンド結果のPopEnabled、ImapEnabled がTrue となっているメールアドレスはPOP/IMAP接続が有効です。上記URLに記載の手順に従って、無効・有効を操作可能です。