OneDriveを利用する場合の、以下GUI操作ですが、コマンドで実行することが可能です。
以下コマンドをPowershellか,コマンドプロンプトから実行することで、指定フォルダ配下（指定しない場合はカレントフォルダ配下）の全てのファイルが「オンライン専用」状態となります。
attrib +U /S *
以下実行例です。
様々な「状態」を持つファイルが存在するフォルダで、
コマンドを実行すると
ファイルの状態は「オンライン専用」というステータスとなります。
参照ドキュメント
OneDriveの「空き領域を増やす」操作をコマンドで実行する
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