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SQL Managed Instanceのトランザクションレプリケーション（プレビュー）を構成している際に、セカンダリが停止した場合でも再開後には処理が続きから自動的に再開します。ただし、障害によってディストリビューションの最大保有期間 (既定値は 72 時間) 内にサブスクリプションが同期されず、ディストリビューション データベース内にサブスクライバーに配信されていない変更がある場合は、サブスクリプションを再初期化する必要があります。
https://docs.microsoft.com/ja-jp/sql/relational-databases/replication/subscription-expiration-and-deactivation?view=sql-server-ver15#transactional-replication
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