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通常、インストールの際には Azure AD Connect の同期用アカウントの認証に関してパスワードが求められることはないように処理されますが、条件付きアクセスで多要素認証が要求されていると、その処理が失敗して明示的なサインインを求めるポップアップが表示されてしまいます。
この場合、条件付きアクセスなどによる多要素認証の設定があるかを確認し、多要素認証が要求されないようにします。
詳細は以下サイトをご覧ください。
[条件付きアクセスによりディレクトリ同期が失敗する場合の対処方法について]
https://jpazureid.github.io/blog/azure-active-directory-connect/directory-synchronization-accounts/