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仮想マシン自体には可用性オプションの違いによる金額差はございません。
しかし、可用性セットの場合のロードバランサーは、Basic Load Balancer にて機能は充足しておりますが、可用性ゾーンにて仮想マシンを構成する場合は、ロードバランサー自体をゾーン冗長構成とするために Standard Load Balancer や、静的パブリックIP アドレスのご利用が必要となるため、こちらに費用差が生じます。
詳細は以下サイトをご覧ください。
[Standard Load Balancer と可用性ゾーン]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/load-balancer/load-balancer-standard-availability-zones