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「チーム サイト」は、作成時に Office 365 グループが同時に作成され Office 365 グループと連携した状態で SharePoint Online のサイトが作成されます。​
Office 365 グループと連携される特性から、グループ内のメンバーと共同編集する際に適しています。​
個別に権限を設定せずに Office 365 グループ メンバーがすぐにアクセスが可能なため初期設定が比較的簡易です。​

[SharePoint でチーム サイトを作成する]
https://support.office.com/ja-jp/article/ef10c1e7-15f3-42a3-98aa-b5972711777d

一方、「コミュニケーション サイト」は、Office 365 グループは作成されず SharePoint Online のサイトのみが作成されます。​
アクセス権限の付与を詳細に設定する場合などに適しており、サイトのインターフェースも “視覚的にユーザーに見せたいコンテンツを強調できる” という特徴があります。​

[SharePoint Online でコミュニケーション サイトを作成する]
https://support.office.com/ja-jp/article/7fb44b20-a72f-4d2c-9173-fc8f59ba50eb

なお、「チーム サイト」および「コミュニケーション サイト」のどちらの場合でも、作成される SharePoint Online のサイトに大きな違いはありません。​