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○Web Apps の時刻同期
Web Appsの時刻同期は、Windows では、統合コンポーネントに包括された「Hyper-V Time Synchronization Service」により、基板上のホストOSと時刻同期を行います。
Linux の場合は、NTP サーバーを参照する仕組みとなっており、設定が必要となります。
詳細につきましては以下URLをご参照ください。

[Azure での Linux VM の時刻同期]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/virtual-machines/linux/time-sync

○Azure Database for MySQL の時刻同期
Azure Database for MySQL をホストしているデータセンター内の論理サーバーは他の Azure リソース（WebApps を含む）と同様の Azure 内の NTP サーバーと時刻同期しております。
しかしながら、別の NTP サーバーへ同期する設定などは実装されておらず変更することはできません。