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Azure Virtual Desktopなど仮想デスクトップ環境を構築する際に、FSLogixを用いてユーザアカウントのプロファイルを、Azure Filesのファイル共有を有効化したストレージアカウント上に格納することが可能です。
このときオンプレミスのActive Directory上に作成される対象のストレージアカウントを表すコンピュータアカウントに対して、FSLogixの各種ポリシーを含むGPOをスコープとして適用させる必要があるかどうかについてお答えします。
結論として、その必要はありません。
FSLogixの各種ポリシーを含むGPOは、Azure Virtual Desktopであれば仮想マシンを指すセッションホストが所属するCN/OUのみをスコープとして適用することで、正常に機能します。
FSLogixのポリシーに、ストレージアカウントのロケーションを入力する項目(Cloud Cache Locations)が存在するため、ストレージアカウントを示すコンピュータアカウントの所属するCN/OUもGPOの適用スコープ対象にする必要があるのではないか、と考えてしまいますがその必要はありません。