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ルート証明書を作成した場合、作成時に指定したディレクトリと別の箇所を見ている可能性があります。
作成時に-CertStoreLocation “Cert:\CurrentUser\My”を指定していた場合現在のユーザー(カレントユーザー)の場所になります。
また、Windows起動コマンドでは以下の違いがあるのでご注意ください。
certmgr.msc→現在のユーザーのストアを開く
certlm.msc→ローカルコンピュータのストアを開く