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Azure Policyを用いてVMにユーザー割り当てマネージドIDを割り当てるために、DeployIfNotExists効果を用いることが可能です。この場合当該ポリシーのシステム割り当てマネージドIDにはマネージドIDの共同作成者権限の他VMに対するread, write権限が必要となります。

deployIfNotExists ポリシー定義にあるテンプレートを実行するとき､Azure Policy ではマネージド ID が使用されます｡ マネージド ID は Azure Policy によって各割り当てに対して作成されますが、どのようなロールをマネージド ID に付与するかについての詳細が必要です。 

準拠していないリソースを修復する – Azure Policy | Microsoft Docs