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VPN Gatewayの動作が不安定な状態であることが確認できたとき、それがAzure側の物理基盤に起因している可能性があるときには再デプロイが有効な場合があります。
VPN Gatewayを再デプロイするにはサイズ(SKU)を変更します。それにより内部インスタンスが削除されて別の物理基盤にデプロイされる動作となります。
変更には30分程度時間がかかり、その間は通信が行えなくなる点にご注意ください。