この記事は更新から24ヶ月以上経過しているため、最新の情報を別途確認することを推奨いたします。

以下のような違いがあります。

ルートベース・・・SKUは複数あり、SKUによりIKEv1/IKEv2をサポート、SKUにより10拠点～30拠点間接続が可能
ポリシーベース・・・SKUはBasicのみ、IKEv1のみサポート、1拠点間の接続のみ可能

以下URLの表に端的にまとめられています。
ポリシー ベース VPN の Azure のサポート

上記URLと同じページ内ですが、ポリシーベースとルートベースの仕組み、挙動の違いなどは以下に説明されています。
ポリシー ベースおよびルート ベースの VPN ゲートウェイについて
トランジットの通信ができるか（VPNゲートウェイを介して別のオンプレミス拠点と通信ができるか）という点で大きな違いがあります。