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Azure AD ConnectでオンプレミスActive DirectoryユーザーをAzure ADに同期している場合、ユーザーを削除するには削除対象となるユーザーをActive Directoryで削除(または同期対象から除外)することで、次の同期実行のタイミングで削除されます。
ただし削除件数は既定で500件までとなっており、削除対象ユーザーが500件を超えている場合にはエラーとなり削除することができません。

この制限を解除するには、Azure AD Connect上のPower Shellで次のコマンドを実行します。
Disable-ADSyncExportDeletionThreshold

削除件数のしきい値を設定するには次のコマンドを実行します。
Enable-ADSyncExportDeletionThreshold -DeletionThreshold 500

削除件数のしきい値を確認するには次のコマンドを実行します。
Get-ADSyncExportDeletionThreshold

参考情報
Azure AD Connect Sync: 誤って削除されないように保護する