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AzureBackupの場合、OSによって取得される整合性のレベルが異なります。
WindowsOSであればアプリケーション整合性を考慮した取得となり、
LinuxOSの場合ファイル整合性までを考慮した取得となります。
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/backup/backup-azure-vms-introduction
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・実行されている Windows VM については、Backup は Windows ボリューム シャドウ コピー サービス (VSS) と連携して VM のアプリ整合性スナップショットを取得します。
・Linux VM の場合、Backup ではファイル整合性スナップショットが取得されます。 アプリ整合性スナップショットの場合は、事前/事後スクリプトを手動でカスタマイズする必要があります。
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