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休職中のユーザーについて、データやメールボックスはそのままに一時的にサービスへのサインインを禁止したい場合は、[サインインをブロック] を利用する運用が考えられます。
以下に管理画面上から行う操作と、PowerShell で設定する方法について記載された公開情報をご案内します。

【サインインをブロックする方法】

1. 全体管理者のアカウントで、Office 365 (https://portal.office.com) にサインインします。
2. 左上にある ■ が 9 つ並んだアイコン (アプリランチャー) をクリックし、[管理者] をクリックします。
3. [ユーザー] – [アクティブなユーザー] の順にクリックし、ブロックするユーザーをクリックします。
4. 上部 [サインインをブロックする] をクリックします。
5. [ユーザーによるサインインをブロックする] の項目をチェックした状態で、[保存] をクリックします。

【サインインのブロックを解除する方法】

1. 全体管理者のアカウントで、Office 365 (https://portal.office.com) にサインインします。
2. 左上にある ■ が 9 つ並んだアイコン (アプリランチャー) をクリックし、[管理者] をクリックします。
3. [ユーザー] – [アクティブなユーザー] の順にクリックし、ブロックを解除するユーザーをクリックします。
4. 上部 [サインインのブロックを解除する] をクリックします。
5. [ユーザーによるサインインを許可する] の項目をチェックした状態で、[保存] をクリックします。

[Office 365 PowerShell でユーザーアカウントをブロックする]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/office365/enterprise/powershell/block-user-accounts-with-office-365-powershell

また、ライセンスをはく奪した場合の留意点については、以下公開情報をご参照ください。

[一般法人向け Office 365 のユーザーからライセンスを削除する]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/office365/admin/subscriptions-and-billing/remove-licenses-from-users
※ “ユーザーからライセンスを削除する際に知っておくべきこと” 項をご確認ください。