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Office 365 契約後の主な管理者の作業の流れとして、Office 365 ポータルへサインイン後、ユーザーの作成、ライセンス割り当ての順番で設定を行います。

[Office 365 にユーザーを個別に、またはまとめて追加する – 管理者向けヘルプ]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/office365/admin/add-users/add-users?view=o365-worldwide

[一般法人向け Office 365 ライセンスをユーザーに割り当てる]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/office365/admin/subscriptions-and-billing/assign-licenses-to-users?view=o365-worldwide&tabs=One

管理者側でユーザーアカウントの作成、ライセンスの割り当てが完了次第、ユーザーにてOffice 365 ポータルへサインインし、Office アプリケーションをインストールします。

[Office 365 向け従業員のクイック セットアップ]
https://support.office.com/ja-jp/article/b9700090-ce64-4046-ab92-ce8488a7bc0f
※上記手順では、Outlook を起動する手順となっていますが、Word など他の Office アプリケーションでも代替可能です。

また、独自ドメインの追加も含む一般的なセットアップ手順は下記 URL にまとめられています。

[一般法人向け Office 365 のセットアップ]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/office365/admin/setup/setup?redirectSourcePath=%252fja-jp%252farticle%252f6a3a29a0-e616-4713-99d1-15eda62d04fa
※契約したプランに対応した項目をご参照ください。