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Azure上のIaaS VMにインストールされる機能拡張用エージェントを用いたIaaS VM単位のバックアップと、Windows OS 上にインストールする Backup Agent　を用いたファイル単位でのバックアップは併用可能となっています。

なお、Azure IaaS Backup の復元ポイントのデータを iSCSI にてドライブとしてマウントし、ファイル単位で復旧することも可能です。

ファイルリストアの手順や、解放が必要なポートにつきましては以下サイトをご覧ください。

[Azure 仮想マシンのバックアップからファイルを回復する]
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/backup/backup-azure-restore-files-from-vm