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ファイルをチェックアウトしたユーザーが存在しなくなった時(ユーザーが削除された際など)に、ファイルが見えないまま残ってしまい、空のフォルダを削除しようとしても削除できない状態となります。
その場合、、[ライブラリの設定] 内の項目である [チェックイン バージョンが存在しないファイルの管理] にて、問題のファイルをチェックインすることでファイルが元もフォルダに戻りファイルごとフォルダを削除することが可能となります。

■ [チェックイン バージョンが存在しないファイルの管理] にてファイルを戻す方法

1.サイト コレクションの管理者ユーザーにて該当ライブラリにアクセスします。
2. 画面右上より [歯車アイコン] – [ライブラリの設定] の順にクリックします。
3.”権限と管理” セクションにて [チェックイン バージョンが存在しないファイルの管理] をクリックします。
4.所有権を取得したいファイルの左側にチェックを入れ、[選択したアイテムの所有権の取得] クリックします。
5.[OK] をクリックします。
6.”自分がチェックアウトしたファイル” に、該当のファイルが表示されたことをご確認ください。また、該当のドキュメント ライブラリにアクセスし、ドキュメント ライブラリ内でもファイルが表示されていることを確認します。
7.ドキュメント ライブラリでもファイルを確認することができましたら、ファイルの編集、削除もが可能となります。