サブスクリプション内で Azure Security Center の有償版/無償版を混在させることはできますか?

はい。リソースグループ単位で有償 (Standard) と無償を切り替えることができます。
「セキュリティポリシー」で該当リソースグループの「継承」を「一意」にすることで、サブスクリプション全体とは異なる各レベルを設定できます。

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