Azure Monitorのログアラート設定において、全く同じログ出力が複数回あった場合、通知を1件のみにできますか?

ディメンション  の設定を利用すれば可能です。

まず、Azure Monitorのアラートルールでは、複数リソースを対象としたアラートルールの作成が可能です。
Microsoft Azure portal で新しいログ警告ルールを作成する

この設定を実施する際、「ディメンション」という設定を利用し、特定リソースの障害情報を”分割して”通知することが可能です。

具体的な設定箇所でいうと、以下です。
【イベントログでの設定例】

まず「」 の「ディメンションで分割する」という指定で、「_ResourceID」を指定した場合
アラートのターゲット (Affected Resource)ごとに、通知が分割されます。かなりざっくりとした説明ですと、メール通知を利用する際、メールタイトルにリソース名が含まれるかどうか、に影響します。
※この「①」の設定を実施せず、「②」だけの設定を投入してアラート通知自体を分割することは可能です。ただ、メールタイトルにリソース名が含まれなくなる為、分かり辛い、という影響があります。

がアラート通知する際に、どの単位で通知したいか、というメインの設定となります。上記設定はイベントログ監視を想定したものですが、
「ホスト名」(Computer)と「イベントログ内容」(RenderDescription)をディメンションで指定している為、ホスト及びイベントログ内容毎に、アラートが分割されて通知されます。
つまり、同じホストで同じログが評価期間内に複数発生した場合、1件のアラートとして通知されます。

例えば、上記【イベントログでの設定例】で、以下条件だとした場合を考えます。
【条件】
・クエリ条件での監視対象ログを「ERROR」とする
(| where RenderedDescription == “ERROR”)
・アラートルールの集計期間と評価期間は共に5分とする

【ログ発生条件】
5分間のうち、同一ホストで以下のログ出力があった
ERROR1
ERROR2
ERROR2
ERROR2
ERROR3
ERROR3

上記の場合、アラート通知は「3件」です。ERROR2 と ERROR3はそれぞれまとめて通知されます。
まとまった通知のメールサンプルは以下です。(以下サンプルは10件のログ発生がまとまって通知されたものです)

「ディメンション」を利用した場合、アラートは設定された単位で分割されて通知されます。「ホスト名」と「ログメッセージ内容」の2つを指定した場合、アラートは、「ホスト名」及び「ログメッセージ内容」の2つの要素を基に通知が分割されるということです。例えば、ここにさらにディメンションを追加し、さらに細かく通知を分割することももちろん可能です。

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