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SharePointでテナント単位で外部共有ドメインを設定した後、サイト単位で[ドメインごとに共有を制限する]にチェックを入れ設定を有効化すると、それ以降にテナント単位で追加したドメインは自動で反映されない仕様となっています。

サイト単位の許可ドメインに、テナント単位で許可したドメインを追加したい場合、該当サイトのポリシー設定で、
[外部共有の詳細設定]→[ドメインごとに共有を制限する]のチェックを解除→保存→再度[ドメインごとに共有を制限する]のチェックを入れる（ここで許可ドメインがテナント単位で許可されている最新のドメインに更新される）→保存
とすることで外部共有の許可ドメインを更新可能です。