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原因のひとつとしてAD FSとWAP間の信頼関係の証明書が失効していたことが考えられます。

AD FSとWAP間では有効期限が20日である証明書が利用されており、有効期限が切れる 7 日前に自動的に新しい証明書を作成されます。
この新規証明書の発行時にAD FSとWAP間で通信ができない場合に、AD FSとWAP間での信頼関係が失われた結果、WAP経由の認証に失敗することが想定されます。

事象の解決策として、
①Install-WebApplicationProxyコマンドでWAP の再構成の実施
参考ページ:Web アプリケーション プロキシのトラブルシューティング
②WAPのウィザードで再構成の実施
参考ページ:AD FS の証明書更新手順 (SSLサーバー証明書)
があります。